La estructura sectorial integra a los trabajadores y trabajadoras desde su puesto de trabajo, atendiendo al ramo o administración al que pertenezcan. A tenor del criterio de colectivos con negociación centralizada y de ámbito estatal, la FSC-CCOO constituye los siguientes sectores estatales:
- Sector federal de la Administración de Justicia
- Sector federal de Empresas del Ciclo Integral del Agua
- Sector federal de la Administración General del Estado
- Sección Sindical Estatal del Ministerio de Administraciones Públicas
- Sección Sindical Estatal del Ministerio de Defensa
- Sección Sindical Estatal del Ministerio de Economía y Hacienda
- Sección Sindical Estatal de la AEAT (Agencia Estatal de Administración Tributaria)
- Sección Sindical Estatal del Ministerio de Fomento
- Sección Sindical Estatal del Ministerio de Interior
- Sección Sindical Estatal del Ministerio de Medio Ambiente
- Sección Sindical Estatal de Instituciones Penitenciarias
- Sección Sindical Estatal del Ministerio de Trabajo y Asuntos Sociales
- Sección Sindical Estatal de la Seguridad social
- Sección Sindical Estatal del Servicio Exterior
- Sección Sindical Intercentros de la ONCE
Las federaciones autonómicas o de nacionalidad de la FSC-CCOO constituyen los siguientes sectores en su ámbito:
- Sector de la Administración Autonómica
- Sector de la Administración Local
- Sector de empresas y entidades de servicios sociales y de atención a la persona